朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文，调兵五十万伐燕，筑垒九门，围攻北平。

十月，朱棣亲身率精骑袭大宁，执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增。

李景隆乘虚攻北平，但不能克（朱棣宗子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城）。

燕王自大宁返回后，于郑灞大破李景隆军，朱允炆被迫罢兵，兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。建文二年四月，双方又战于白沟河，李景隆再次战败，燕师乘胜围攻济南。

山东参政铁铉固守济南，以逸待劳，燕师久攻不下，败还。玄月，朝廷升铉为山东布政使，改命盛庸代李景隆。十仲春，盛庸率师与燕军会战于东昌（今山东聊城），燕师大败，主将张玉战逝世。

建文帝于三年复齐、黄职位。仲春，燕师再度南下。三月，败盛庸于滹沱河，再败吴杰即是藁城。朱允炆以放逐齐、黄为名，使其外出募师勤王。

朱棣虽多胜，但丧失颇重，而朝廷军源颇广，燕军于河北、山东一带所攻下的城邑，兵回后又为朝廷兵所据。

同年底，有内臣自京师告密，朱棣知南京空虚可图，决计转变战略，于四年正月率师南下。

双方交战与安徽淝河，南军大败；燕军连破何福、平安师，五月克泗州、扬州。

建文帝遣庆成郡主至燕师，乞割地求和，燕王不许。六月，江防都督陈瑄以船师降燕，燕师渡江，下镇江，直逼南京。

谷王朱橞与李景隆开金川门投降。在叛乱起初，燕王尚不占兵力上的上风。他的部队只有十万人；除了他的封地北平之外他也没有能够把持任何其他国土。

南京的建文朝廷有一支三倍于燕王部队的常备军，拥有全国的经济，并且已经破除了几个藩国。

但燕王的领导能力、高素质的部队却非朝廷部队可比。随着战斗时间的延伸，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的毛病严重影响了战局。直至节节败退，很多将领投降了燕王。

朝廷曾从朝鲜输进很多战马，想以此加强它的战斗力，由于朝鲜国王李芳远公然表现支撑朱允炆打燕王。但是这些措施终极未能影响一败涂地的战斗结局。

燕兵进京，在燕王部队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。

当火势扑灭后在灰烬中创造了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是天子、皇后和他的宗子朱文奎的尸体，谁也不能确定他是否真的被烧逝世了；后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。

当时官方的记载当然只能说天子及其宗子已逝世于难中；否则，燕王就不可能名正言顺地称帝了。

朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜，成为一件悬案。每个以军事气力颠覆上一代天子下位的天子在建朝初期都会用一些残暴的手段来打压大众，打算用残暴那封住流言蜚语，而朱棣在这一点施展的淋漓尽致。

朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，履行残暴的“转营”，即轮流送到军营中往，一个女子每一日一夜要受二十余男子的*，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至逝世的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了，而后来更有“活剐三千宫女”的传言，残暴可见一斑。

朱棣攻下南京后，在拒尽了他的支撑者们重复几天的劝进之后，于（1402）年7月17日即天子位，但不是继续朱允炆的帝位，而是继续明太祖朱元璋的帝位（破除建文年号，建文四年改称洪武三十五年）。

下令大力搜索齐泰、黄子澄等建文朝臣五十余人，朱棣还令尽复建文帝所改的一切太祖天子制定的成法和官制，以表明其起兵目标在于恢复祖训。

朱棣十分器重经营北方，加之自己兴起于北平，永乐七年（1409）年，明成祖开端了营建北京天寿山长陵，以示立足北方的决心。

与此同时，争取与蒙古族建立友爱关系。鞑靼、瓦剌各部先后吸收明政府封号。

永乐八年（1410）年至年（1424年），这二十二年期间朱棣亲身率兵五次北征，巩固了北部边防。永乐四年（1406）年开工修建北京宫殿也就是紫禁城，耗时十四年竣工，永乐十九年（1421年）正式迁都北京。

朱棣建国之初虽残暴无比，但之后执掌朝政，却表现的异常贤明，他完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形。

永乐初开端设置内阁，选资格较浅的官僚进阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。

朱棣器重监察机构的作用，设立分遣御史巡按天下的制度，勉励官吏互相讦告。

他善利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事。同时，提出“为治之道在宽猛适中”的原则。

他利用科举制及编修书籍等收买地主、士人，宣传儒家思想以转变明初过事佛、道
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